Um die Zeit der Jahrtausendwende setzte allmählich eine deutsche Besiedelung der Region ein. Wegen seiner günstigen Lage an einer Furt durch die damals versumpfte Parthen-Aue war Großbardau während des gesamten frühen Mittelalters bedeutende "Geleit"-Station an der Alten Salzstraße. Dieser historische Handelsweg verband den damals deutschen Siedlungsraum Leipzig-Magdeburg mit dem salzarmen Böhmen. Anfangs war Großbardau der letzte deutsche Stützpunkt vor der Durchquerung des großen Erzgebirgs-Urwaldes, in dem es nur entlang der oft unwegsamen Gebirgstäler eine slawische Streubesiedlung gab. Spätestens um 1160 vermuten die Historiker den Bau einer Holzkirche. Dorf und Kirche "Parde" (Großbardau) müssen bereits lange vor ihrer urkundlichen Ersterwähnung 1218 bestanden haben. Immerhin ging es in dieser Ersterwähnung um das Recht des Sächsischen Markgrafen Dietrich des Bedrängten, in seinem Grimmaer Schloss eine Kapelle (kleine Kirche) außerhalb der Bardauer Pfarrgemeinde zu betreiben. Im selben Jahr erhielt Grimma Marktrecht. In diesem damals schnell wachsenden Marktflecken entstand 1220 die große Frauenkirche, damit war die Zeit Großbardaus als regionales Zentrum beendet und zur Kirchgemeinde Großbardau gehörten nur noch Kleinbardau, Bernbruch, Otterwisch, Grethen und Hohnstädt. In der "Gilsenburg" an der Ecke Parthenstr./Alte Schulstr. war einst das Geleitshaus für die Salzstraße untergebracht. Zusammen mit dem Friedhof und der wehrhaften Kirche befindet sich dieser Komplex auf einem Hügel, der zum größten Teil von einer zwei bis fünf Meter hohen, mauerbekrönten Felskante umgeben ist. Hier im alten Ortskern findet man auch die Namen "Badergasse" und "Schmiedeteich", es wird 1308 ein "Conradus Sutor de Parda" (Konrad der Schuster aus Bardau) in einer Urkunde genannt, das war damals für ländliche Siedlungen untypisch und lässt eher die Planung einer Kleinstadt vermuten. Markgraf Heinrich der Erlauchte schenkte das Dorf "Maior Parda" 1241 dem Hospital zu Grimma, 1251 wurde beides von dem aus Torgau nach Grimma/Nimbschen umgezogenen Zisterzienserkloster übernommen. Dahin hatten die Bauern und die 2 Wassermühlen also nun ihre Abgaben zu liefern, die Äbtissin sprach Recht und aufgelassenes Land fiel automatisch dem Kloster zu. 1355 gab es einen spektakulären Gerichtsprozess, in dem die Äbtissin den Großbardauer Bauern Recht gab in der Forderung nach preiswerteren Mühlengebühren. Günstig war, dass durch die Macht des Klosters hier keine Bauern zu Leibeigenen wurden, Auseinandersetzungen zwischen Feudalherren und dem Kloster zogen sich aber noch jahrhundertelang hin. Noch über 200 Jahre später mussten sich die Großbardauer vor einem hohen sächsischen Gericht aufwändig ihr altes Recht bestätigen lassen, ihre Kinder nicht zu Fron- und Gesindediensten schicken zu müssen. Noch heute kann man erkennen, dass es im Dorf nur ein recht schlichtes Rittergut und keinerlei Schloss gibt, dafür aber viele ausgesprochen große Bauerngehöfte.